Все сантехнические узлы подключаются к напорной канализационной магистрали. Поскольку самотёчная схема в подземном укрытии затруднена, используются насосные станции (санитарные измельчители типа Grundfos Sololift или аналоги) — они перекачивают стоки под давлением по трубопроводу малого диаметра, что упрощает прокладку коммуникаций и снижает нагрузку на конструктив.

При проектировании объектов с длительным сроком автономии устанавливается компактная станция биологической очистки (КОС). Она работает по принципу аэробной биологической деградации органики — специальные бактерии разлагают стоки до безопасного состояния. Очищенная вода соответствует требованиям технического водоотведения и может использоваться для полива или сброса в грунт после дополнительной дезинфекции ультрафиолетом.
•       Степень очистки — до 98% по биологическому потреблению кислорода (БПК)
•       Энергопотребление станции — 1–3 кВт/ч в сутки
•       Периодичность обслуживания — 1 раз в 12–24 месяца
•       Полностью герметичная установка, без запаха внутри укрытия